大師釋迦牟尼佛在不同根基的所化眾生前，示現了三轉法輪的弘法歷程：
第一轉法輪的受眾主要是小乘根基的眾生，佛陀為他們重點宣說了四諦法門；第二轉及第三轉法輪的對象主要是大乘種姓的利根者。佛陀在二轉法輪的過程中，重點宣說了般若空性。龍樹菩薩依據佛的密意作了《中觀六論》，顯發闡揚了佛陀萬法為空的理念；月稱菩薩等後繼者，又以《入中論》等論典對之作了進一步的發揮。至於如來藏的觀點則是佛陀在第三次轉法輪時所著重宣講的內容，釋迦牟尼佛面對最利根的眾生，向其廣講了有關清淨顯現方面的法門，而龍樹菩薩的《贊法界論》以及彌勒菩薩的《寶性論》則是對如來藏觀點的最全面及權威的解釋。
關於後兩次轉法輪所要著重抉擇的問題，大家一致公認為抉擇的是空性與顯現的問題。但在如何解釋這二者的關係時，很多人的看法卻不是那麼清晰、一致了。其中有一種錯誤觀點影響力非常深遠，那就是把空性和顯現當成黑白兩色的繩子一般，如果要論它們的關係，這些人想當然地就認為把黑白二繩扭和在一起就是顯空關係的最好說明。這恐怕並不符合釋迦牟尼佛的本意，也完全沒有理解《心經》中所謂的「色不異空，空不異色」的意義。
其實空性與顯現的關係就是「色即是空，空即是色」的關係，不論顯密，也不論禪宗還是華嚴、法華等諸宗派，所有大乘法門無不以此為判定顯空二者關係之唯一準繩。理解了這一點，對幫助大家理解如來藏的本體特徵，理解佛法所謂的如來藏與外道的「我」之間的本質區別，理解佛教的思想與《奧義書》等婆羅門經典所傳達的思想之間的截然不同的分野，都有重要的參考及借鑒價值。因「色即是空」明確告訴我們如來藏的本體為空性；而「空不異色」同樣明確告訴我們空性絕不意味著空無一物似的斷滅，在其中當然就包含有如來藏的顯現與功德。
其實在《楞伽經》中，佛陀早就回答過這一問題，他在此經中詳細闡明了佛法所謂的如來藏與外道所謂的「我」之間的嚴格區別，並由此讓大家對佛性、對如來藏有了一個更為清楚及究竟的瞭解。在本經中，大慧菩薩首先提問道：「世尊，修多羅中說如來藏本性清淨，常恒不斷無有變易，具三十二相，在於一切眾生身中。為蘊界衣所纏，貪恚癡等妄分別垢之所污染，如無價衣在垢衣中。外道說我是常作者，離於求那自在無滅。世尊所說如來藏義，豈不同於外道我耶？」
對此，佛陀回答說：「大慧，我說如來藏不同外道所說之我。大慧，如來應正等覺實際涅槃不生無相無願義說如來藏，為令愚夫離無我怖說無分別無影像處如來藏門。未來現在諸菩薩摩訶薩，不應於此執著於我。大慧，譬如陶師於泥聚中以人功木杖輪繩方便作種種器，如來亦爾，於遠離一切分別相無我法中，以種種智慧方便善巧或說如來藏，或說為無我，種種名字各各差別。大慧，我說如來藏為攝著我諸外道眾，令離妄見入三解脫，速得證於阿耨多羅三藐三菩提。是故諸佛說如來藏不同外道所說之我，若欲離於外道見者應知無我如來藏義。」在這裏，佛陀已經宣說得非常清楚，要想與外道的「我」相區別開來，修行人必須把握如來藏的空性本體，也即不可把如來藏執著為實。
至於學術界有些人認為如來藏與佛性的思想是受了《奧義書》的影響，這種觀點實屬無稽之談。如果我們在評價任何兩種思想體系之間的關係時，只從表面的文字入手，一旦看到二者有文字上的相似甚或相同之處，然後馬上就得出定論說這二者之間有淵源關係，或一個受了另一個的影響，那學術研究豈非形同兒戲？這樣的研究恐怕人人皆可操筆上陣了，因它要求於人的實在太過簡單，只要對比一下二者產生的時間先後，再看看文字上的相同之處就可以了，實際的內涵差別都可置之不理。這種研究方式與治學態度，不僅在世間法上行不通，更不能用於佛學研究與聞思。更可怕的是，聞思修、戒定慧相統一的學佛序列，被日漸簡單化為文字上的考證「佛學」，且美其名曰以科學的態度研究佛法。在把需用全部身心，包括生命去體證的學佛，日益庸俗化為世間佛學時，不知他們想過沒有，佛法超離世間言思的那一部分最究竟的智慧，凡夫俗子是根本無法以自己的所謂聰慧，靠了世智辯聰似的世間學問家的態度來求證的。
至於學術界有些人認為如來藏與佛性的思想是受了《奧義書》的影響，這種觀點實屬無稽之談。如果我們在評價任何兩種思想體系之間的關係時，只從表面的文字入手，一旦看到二者有文字上的相似甚或相同之處，然後馬上就得出定論說這二者之間有淵源關係，或一個受了另一個的影響，那學術研究豈非形同兒戲？這樣的研究恐怕人人皆可操筆上陣了，因它要求於人的實在太過簡單，只要對比一下二者產生的時間先後，再看看文字上的相同之處就可以了，實際的內涵差別都可置之不理。這種研究方式與治學態度，不僅在世間法上行不通，更不能用於佛學研究與聞思。更可怕的是，聞思修、戒定慧相統一的學佛序列，被日漸簡單化為文字上的考證「佛學」，且美其名曰以科學的態度研究佛法。在把需用全部身心，包括生命去體證的學佛，日益庸俗化為世間佛學時，不知他們想過沒有，佛法超離世間言思的那一部分最究竟的智慧，凡夫俗子是根本無法以自己的所謂聰慧，靠了世智辯聰似的世間學問家的態度來求證的。
另外，認為藏傳佛教「即身成佛」之說是建立在如來藏和佛性的基礎上的說法，也需經過考察。不論是藏傳佛教的即身成佛說，還是禪宗的明心見性說，以及淨土宗的即生往生說，都沒有強調說非要把盡此一生取得成就的可能性全部建立在如來藏的基礎上。要徹底通達如來藏的真實含義，學術界的一些人應該仔細閱讀以下經典：《聖者陀羅尼自在王請問經》、《吉祥鬘獅子吼請問經》、《珍寶女請問經》、《無垢天女請問經》、《指鬘王經》、《彌勒請問經》、《如來藏經》等經典，到時想必應能對佛陀宣說的如來藏有更深入的瞭解，有些錯解當可消除。
一點是大家在理解如來藏時必須把握住的，即應把如來藏承許為無為法，但又不能把它理解為斷滅空。儘管是無為法，三身智所具光明之功德依然完全具足。在思考它們之間的關係時，任何執著有與無、非有與非無等邊執戲論之觀點都是不究竟的。《密嚴莊嚴經》云：「清淨之月輪，恒無垢圓滿，因時於世間，分別月盈虧。如是阿賴耶，恒具如來藏，佛說如來藏，名為阿賴耶。不曉此愚者，以自習氣力，見其異苦樂，業感煩惱相。自性淨無垢，功德如寶珠，無遷亦無變，徹知而解脫。」彌勒菩薩也云：「於此無所破，所立亦毫無，真實見真性，見真性解脫。」
不過若換一個角度來說，學術界有些人不理解如來藏也情有可原，因有些佛經中說，位登十地的菩薩對如來藏的證悟都像是夜晚觀色一樣朦朦朧朧。真要通達如來藏的密意是非常困難的，因它根本就不是尋思分別的對境，所以我們不能隨便就以自己的分別念妄加臆測。不依止真正的高僧大德、大善知識，不經過多年的聞思乃至實修，任誰也無法了達，更不用說給別人宣講如來藏的本義。如果說除了佛陀以外的所有眾生，包括得地菩薩都無法如實現見如來藏的話，那麼對那些雖未見到實相、不過已被善知識攝受、對大乘有信解的聲聞、緣覺以及諸菩薩而言，他們則可憑勝解信證悟佛性的總相。除此之外，那些試圖完全擺脫信仰的支撐，只欲以自己單純的「學術研究」去證悟如來藏的人，恐怕連如來藏的邊都摸不著。正如《寶性論》所云：「自然之勝義，當以信心悟，日輪璀璨光，無眼者不見。」也如《佛藏經》所說：「國王聚集諸多盲人，指示大象後，告諸盲人分別言說大象之特徵。觸大象鼻之諸盲人言『象如鐵鉤』；觸眼者謂『象如碗』；觸耳者謂『象如簸箕』；觸背者謂『象如擔架』；觸尾者謂『象如繩子』。眾盲人雖未說除大象外之他法，然彼等未全面瞭解。同理，對於佛法，雖有空性、如幻、光明等不同說法，然並非全面證悟。」
不過若換一個角度來說，學術界有些人不理解如來藏也情有可原，因有些佛經中說，位登十地的菩薩對如來藏的證悟都像是夜晚觀色一樣朦朦朧朧。真要通達如來藏的密意是非常困難的，因它根本就不是尋思分別的對境，所以我們不能隨便就以自己的分別念妄加臆測。不依止真正的高僧大德、大善知識，不經過多年的聞思乃至實修，任誰也無法了達，更不用說給別人宣講如來藏的本義。如果說除了佛陀以外的所有眾生，包括得地菩薩都無法如實現見如來藏的話，那麼對那些雖未見到實相、不過已被善知識攝受、對大乘有信解的聲聞、緣覺以及諸菩薩而言，他們則可憑勝解信證悟佛性的總相。除此之外，那些試圖完全擺脫信仰的支撐，只欲以自己單純的「學術研究」去證悟如來藏的人，恐怕連如來藏的邊都摸不著。正如《寶性論》所云：「自然之勝義，當以信心悟，日輪璀璨光，無眼者不見。」也如《佛藏經》所說：「國王聚集諸多盲人，指示大象後，告諸盲人分別言說大象之特徵。觸大象鼻之諸盲人言『象如鐵鉤』；觸眼者謂『象如碗』；觸耳者謂『象如簸箕』；觸背者謂『象如擔架』；觸尾者謂『象如繩子』。眾盲人雖未說除大象外之他法，然彼等未全面瞭解。同理，對於佛法，雖有空性、如幻、光明等不同說法，然並非全面證悟。」
要而言之，眾生為何具足如來藏、佛性的道理，對每一個修行人來說都至關重要，如果他真想證悟成佛，而非僅僅只作個所謂的佛教文字考據者的話，那就必須把如來藏的本體與顯現，以及如來藏與空性的關係問題搞懂、搞透徹。在這方面，《寶性論》以九種意義、九種比喻把這個問題講得已是非常清楚，欲研究實修者不妨多研讀研讀這部論典。總之，顯密佛法所共許的空性與如來藏，要領悟它們之間的聯繫與區別，就必須把龍樹菩薩的《中觀六論》以及《彌勒五論》結合起來參研，如此方能洞徹佛陀第二轉及第三轉法輪的意義，否則就只能把它們割裂開來，或者像上文所述的那樣，把二者的關係理解成黑白二繩的撮合關係。對此等道理的詳細解說，可參見全知無垢光尊者以及全知麥彭仁波切的相關著作，這裏恐繁不敘。
